PERANAN MIKROORGANISME DALAM EKOLOGI LAUTAN DAN BIOTEKNOLOGI MIKROBIOLOGI LINGKUNGAN AKUATIK

PERANAN MIKROORGANISME DALAM EKOLOGI LAUTAN DAN BIOTEKNOLOGI
MIKROBIOLOGI LINGKUNGAN AKUATIK
Mikrobiologi akuatik
Mikrobiologi akuatik adalah telaah mengenai mikroorganisme serta kegiatannya di perairan tawar, muara, dan marin, termasuk mata air, danau, sungai, dan laut. Bidang itu menelaah virus, bakteri, algae, protozoa, dan cendawan mikroskopik yang menghuni perairan alamiah ini (Pelczar,1988).
Mikroorganisme ini beserta kegiatannya dalam banyak amatlah penting. Mereka dapat mempengaruhi kesehatan manusia dan kehidupan hewan; mereka menempati posisi kunci di dalam rantai makanan dengan cara menyediakan makanan bagi kehidupan akuatik berikutnya yang bertaraf lebih tinggi. Mereka membantu berlangsungnya rantai reaksi biokimia yang mengatur daur ulang unsur-unsur, seperti yang terjadi di dalam tanah (Pelczar,1988). Mikrobiologi menjadi makin penting dengan adanya urbanisasi yang disertai meningkatnya kebutuhan masyarakat akan air, pentingnya perairan alamiah sebagai reservoir utama, penyelidikan lepas pantai untuk mendapatkan minyak dan mineral, didirikannya badan perlindungan keadaan lingkungan, serta perkembangan-perkembangan lainnya (Pelczar,1988).
Keadaan air
Air adalah materi esensial di dalam kehidupan. Tidak satu pun makhluk hidup di dunia ini yang tidak memerlukan dan mengandung air. Sel hidup, baik tumbuh-tumbuhan ataupun hewan, sebagian besar tersusun oleh air, seperti di dalam sel tumbuh-tumbuhan terkandung lebih dari 75% atau di dalam sel hewan terkandung lebih dari 67% (Suriawiria,1985).
Masalah yang paling pelik yang harus dihadapi dalam masalah mengolah air adalah karena semakin meningkat dan tingginya pencemaran yang memasuki badan air. Pencemaran tersebut berasal dari:
1. Sumber domestik, yang terdir dari rumah tangga.
2. Sumber non-domestik, yang terdiri dari kegiaan pabrik, industry, pertanian dan
sebagainya.
Perairan alami memang merupakan habitat atau tempat yang sangat parah dikenai oleh pencemaran. Sehingga kalau sejak di SLTA dulu kita mengenal rumus kimia air adalah H2O, ternyata itu adalah rumus kimia air yang hanya berlaku untuk air-air bersih seprti aquades, akua-demin, dan sebagainya. Sedang untuk air alami yang berada di dalam sungai, kolam, danau laut dan sumber-sumber lainnya, rumus tersebut menjadi:
H2O + X
Di mana X berbentuk:
a. Faktor yang bersifat hidup (biotik).
b. Faktor yang bersifat tidak hidup (abiotik).
1. Kelompok Kehidupan di dalam Air
Faktor-faktor biotis yang yang terdapat di dalam air terdiri dari:
1. Bakteria.
2. Fungi atau jamur.
3. Mikroalgae atau ganggang mikro.
4. Protozoa atau hewan bersel tunggal.
5. Virus.
Serta sekumpulan hewan ataupun tanaman air lainnya yang tidak termasuk kelompok mikroba (Suriawiria,1985). Penyebaran mikroorganisme dalam lingkungan akuatik Mikroorganisme dalam suatu lingkungan akuatik mungkin terdapat pada semua kedalaman, berkisar dari permukaan sampai ke dasar parit-parit yang paling dalam di dasar lautan. Populasi terbesar mikroorganisme menghuni lapisan teratas dan sedimen dasar, terutama di perairan dalam (Pelczar,1988). Plankton (fitoplankton dan zooplankton). Kumpulan organisme hidup yang sebagian besar terdiri dari mikroorganisme, yang terapung dan hanyut pada permukaan ekosistem akuatik, dinamakan plankton. Populasi plankton terdiri dari algae (fitoplankton), protozoa, hewan kecil (zooplankton), dan mikroorganisme lain.
Mikroorganisme fototrofik dianggap sebagai plankton yang paling penting karena merupakan produsen primer bahan organik ; artinya, pelaku fotosintesis. Sebagian besar organism planktonik dapat bergerak, atau mengandung tetesan minyak, atau memiliki struktut khusus yang memungkinkan mereka mengapung ; kesemua cirri ini membantu organism tersebut mempertahankan lokasinya di zona fotosintetik yang berada di lapisan air bagian atas (Pelczar,1988).
Mikroorganisme bentik. Mikroorganisme yang merupakan penghuni suatu dasar. Perairan (lumpur tanah) dinamakan organisme bentik. Daerah terkaya akan jumlah dan macam organisme pada sistem muara-laut ialah daerah bentik, yang terbentang dari pasang naik sampai suatu kedalaman di tempat tanaman sudah jarang tumbuh. Daerah dasar laut mengandung berjuta-juta bakteri per gram (Pelczar,1988).
Keadaan fisik dan komponen-komponen kimiawi yang mencirikan daerah perairan di antara zona planktonik dan bentik sangat bervariasi sehingga tidak ada gunanya untuk mencoba membuat gambaran umum. Pikirkanlah sejenak mengenai perbedaan antara kolam dan lautan!. Kolam dan danau juga memiliki zonasi dan stratifikasi yang khas, dan telah tersedia banyak informasi mengenai populasi mikrobiologis yang menghuninya (Pelczar,1988).
Peranan mikroorganisme
Menurut suriawiria (1985), kehadiran mikroba di dalam air, mungkin akan mendatangkan keuntungan tetapi juga mungkin mendatangkan kerugian.
1) Mendatangkan keuntungan
a. Banyak plankton, baik yang terdiri dari plankton-tumbuh-tumbuhan (fitoplankton) ataupun plankton-hewan (zooplankton), merupakan makanan utama ikan-ikan kecil. Sehingga kehadirannya meupakan tanda kesuburan kolam ikan misalnya, untuk perikanan. Ini misalnya untuk jenis-jenis microalgae: Chlorella, Scenedesmus, Hydrodiction, Pinnularia, Sinedra, dan sebagainya.
b. Banyak jenis bakteri atau fungi di dalam badan air berlaku sebagai jasad decomposer. Artinya jasad tersebut mempunyai kemampuan untuk mengurai atau merombak senyawa yang berada (masuk) ke dalam badan air. Sehingga kehadirannya telah dimanfaatkan di dalam rangka pengolahan buangan di dalam air secara biologis.
c. Pada umumnya microalgae mempunyai klorofil, sehingga dapat melakukan proses fotosintesis dengan menghasilkan oksigen. Di dalam air, kegiatan fotosintesis tersubut akan menambah jumlah (kadar) oksigen di dalamnya, sehingga nilai kelarutan oksigen (umumnya disebut DO atau dissolved oxygen) akan naik atau bertambah.
d. Kehadiran hasil uraian senyawa hasil rombakan bakteri atau fungi, ternyata digunakan atau dimanfaatkan oleh jasad-jasad lain, antara lain oleh microalgae, oleh bakteri atau fungi sendiri. Sehingga dalam masalah ini jasad-jasad pengguna tersebut dinamakan consumer atau jasad pemakai. Tanpa adanya jasad pemakai, kemungkinan besar penimbunan (akumulasi) hasil uraian tersebut dapat mengakibatkan keracunan terhdap jasad lain, khususnya ikan.
2) Mendatangkan kerugian
a. Yang paling dikhawatirkan adalah kalau di dalam badan air terdapat jasad-jasad
mikro penyebab penyakit, seperti:
a) Salmonella penyebab penyakit tifus
b) Shigella penyebab penyakit disentri-basiler
c) Vibrio penyebab penyakit kolera
d) Entamoeba penyebab penyakit disentri-amuba
e) Ascaris penyebab penyakit cacing, dan banyak contoh-contoh lainnya.
b. Juga didalam air banyak ditemukan mikroba penghasil toksin (racun) yang sangat berbahaya, seperti:
a) Yang hidup anaerobic seperti Clostridium
b) Yang hidup aerobic seperti Pseudomonas, Salmonella, Staphylococcus, dan sebagainya.
c) Toksin juga dihasilkan oleh beberapa jenis microalgae seperti Anabaena dan Microcystis.
Peranan Mikroorganisme Dalam Ekologi Lautan Bakteri ada dimana-mana. Dalam tanah, air dan udara. Bahkan dalam perut hewan dan manusia, di sumber air panas dan di lapisan es yang amat dingin. Awam seringkali menyikapi secara keliru keberadaan mikro-organisme ini, dengan menilainya secara pukul rata sebagai sumber penyakit yang merugikan. Ilmuwan Belanda, Antoni van Leeuwenhoek pada 350 tahun lalu, memang mula-mula meneliti makhluk hidup mikro yang tidak kasat mata itu untuk mencari biang keladi penyebab penyakit (Anonim,2009).
Sejak penelitian perdana menggunakan mikroskop sederhana hingga zaman modern ini, para ilmuwan juga masih memfokuskan penelitian pada mikro-organisme yang memicu penyakit. Baru beberapa tahun terakhir ini, fokusnya beralih pada peranan mikro-organisme bagi ekologi secara keseluruhan. Dengan metode biologi molekuler terbaru, para peneliti dapat semakin mengerti sifat-sifat organisme sel tunggal (Anonim,2009).
Bakteri menguraikan secara aktif semua unsur organik, dan mengubahnya menjadi unsur organik bagi kepentingannya. Lebih lanjut unsur ini menjadi makanan organisme bersel tunggal, yang kemudian membentuk biomassa yang menjadi makanan ikan dan selanjutnya menjadi makanan bagi pemangsa lain yang berderajat lebih tinggi. Jadi bakteri adalah makanan bagi pemangsa berderajat lebih tinggi, tapi pada akhir rantai makanan, bakteri juga yang menguraikan bangkai paus. Karena itu, sebetulnya mikro-organisme adalah aktor utama dalam system kelautan (Anonim,2009).
Akan tetapi, sejauh ini para peneliti amat sulit melacak rahasia di balik habitat bakteri. Sebab, kebanyakan bakteri hidup dalam lingkungan yang amat kompleks, dan saling terkait satu dengan yang lainnya. Di luar habitatnya, bakteri biasanya langsung mati. Itulah sebabnya, amat sulit mengembangbiakkan bakteri di laboratorium (Anonim,2009).saat ini para peneliti berusaha mengumpulkan informasi sebanyak mungkin. Menyangkut lokasi, temperatur, kadar garam, kadar oksigen dan dimana atau dalam kondisi apa kode genetika ini muncul. Para peneliti hendak mengamati pengaruh faktor lingkungan terhadap habitat bakteri ini selama tiga tahun. Hasil penelitian dan anilisisnya, akan dijadikan basis bagi penelitian selanjutnya, serta landasan bagi peramalan kondisi lingkungan di masa depan. Misalnya, bagaimana pengaruh perubahan iklim terhadap habitat bakteri secara keseluruhan, yang berarti juga terhadap ekosistem luas di Laut Utara (Anonim,2009).
Bioteknologi Mikroorganisme Laut
Bakteri laut adalah salah satu mikroorganisme yang mampu menjaga kesinambungan kehidupan di laut karena kemampuannya mendegradasi senyawa organik mulai dari yang sederhana hingga kompleks, yang masuk ke perairan laut (Kompas,2005).
Bioremediasi adalah usaha perbaikan lingkungan yang telah tercemar dengan menggunakan biota hidup. Salah satu contoh biota yang sering digunakan dalam uji coba perbaikan lingkungan laut yang tercemar minyak adalah bakteri laut hidrokarbonoklastik (bakteri pemecah minyak) yang jumlahnya lebih dari 200 spesies (Kompas,2005).
Bakteri laut juga dapat digunakan dalam industri farmakologi (obat-obatan), keperluan budidaya, maupun uji toksisitas. Di negara-negara maju, penelitian bakteri laut untuk keperluan farmakologi berkembang pesat. Pada umumnya bakteri laut penghasil senyawa aktif untuk keperluan obat-obatan hidup bersimbiosis dengan invertebrata (biota laut). Namun, senyawa aktif yang dihasilkan jumlahnya sangat sedikit (Kompas,2005).
Dalam bidang budidaya, salah satu masalah yang dihadapi adalah penyakit. Penyakit bakterial pada biota budidaya dapat menjadi penyebab kerugian karena selain kematian massal, juga menyebabkan ditolaknya produk budidaya yang diekspor ke luar negeri. Untuk membasmi penyakit bakterial pada biota budidaya pada umumnya digunakan senyawa kimia (antibiotik). Namun, penggunaan senyawa kimia tersebut tidaklah efektif karena dapat menimbulkan efek samping. Kini, upaya membasmi penyakit secara biologi yang tak menimbulkan efek samping telah banyak dilakukan dengan memanfaatkan sifat antagonisme di antara bakteri. Bakteri penyebab penyakit pada biota budidaya dapat dilawan atau dihambat oleh bakteri lain (Kompas,2005).
Mikroorganisme yang digunakan untuk keperluan tersebut disebut biokontrol dan salah satunya adalah menggunakan bakteri sebagai probiotik. Di dalam bidang budidaya, probiotik adalah bakteri yang digunakan tidak hanya untuk mengendalikan bakteri patogen, tetapi juga sebagai suplemen bahan makanan dan meningkatkan kualitas air (Kompas,2005).
Kegunaan lain bakteri laut adalah untuk menguji toksisitas. Di Amerika, semua penemuan produk bahan kimia baru sebelum diproses oleh pabrik harus sudah diuji coba in-vitro bioassay. Assay ini untuk memprediksi efeknya terhadap kesehatan dan efek ekologinya. Salah satu tes untuk menguji toksisitas senyawa kimia adalah uji luminescence (microtox assay) dan bakteri luminescence (mampu mengeluarkan cahaya) adalah salah satu biota yang digunakan dalam microtox assay. Assay ini adalah salah satu assay yang sudah sangat luas digunakan untuk uji produk senyawa kimia baru. Hal ini disebabkan waktu yang diperlukan cepat, relatif tidak mahal, dan tidak membutuhkan ruangan yang besar daripada tes bioassay menggunakan ikan. Bakteri luminescence ini banyak ditemukan di perairan laut, dapat hidup secara bebas, dan dapat juga menempel pada organisme yang lebih besar (Kompas,2005).
Berdasarkan uraian di atas, ternyata bakteri memang mempunyai banyak peranan. Indonesia yang sudah dikenal sebagai negara kaya akan keanekaan hayatinya, termasuk di dalamnya bakteri laut, tentu masih banyak lagi yang bisa digali pemanfaatannya untuk berbagai keperluan melalui bioteknologi (Kompas,2005).
Tinjauan Pustaka:
http://www.deutsche-welle.de/dw/article/0,,4106397,00.html
http://www.indobic.or.id/berita_detail.php?id_berita=125

DAUR BIOGEOKIMIA DAN PERAN MIKRORGANISME DI DALAMNYA
DAUR BIOGEOKIMIA DAN PERAN MIKRORGANISME DI DALAMNYA

A. DAUR BIOGEOKIMIA
Semua makhluk hidup memerlukan berbagai materi organik dan anorganik. Karbon dioksida dan air diperlukan untuk proses fotosintesis. Nitrogen merupakan komponen penyusun protein dan asam nukleat yang ada di dalam jaringan hidup. Fosfor merupakan unsur penting dalam pembentukan ATP (energi) dan nukleotida. Semua materi yang menyusun tubuh makhluk hidup pada saatnya akan kembali ke alam (atmosfer, air dan tanah), yaitu ketika mahkluk hidup tersebut mati.
Di alam, tubuh makhluk hidup yang telah mati akan diuraikan oleh dekomposer sehingga terbentuk senyawa sederhana. Selanjutnya, senyawa tersebut akan dimanfaatkan kembali oleh makhluk hidup autrotof. Artinya, semua materi akan mengalir membentuk suatu daur yang melibatkan komponen biotik dan abiotik yang disebut daur biogeokimia.
Geokimia adalah ilmu yang membahas komposisi kimia bumi dan pertukaran unsur berbagai bagian dari kulit bumi dan lautnya, sungai-sungai dan perairan lainnya.
Huchinson menjelaskan :
" Biokimia adalah pengkajian pertukaran atau perubahan terus menerus (yakni gerakan ke belakang dan kedepan ) dari bahan-bahan antara komponen biosfer dari yang hidup dan yang tak hidup."
"Biosfer adalah lapisan permukaan bumi atau dapat pula disebut ekosistem raksasa, karena terbentuk dari berbagai ekosistem yang saling berinteraksi."
Semua yang ada di bumi baik makluk hidup maupun benda mati tersusun oleh materi. Materi ini tersusun oleh antara lain: karbon (C), Oksigen (O), Nitrogen (N), Hidrogen (H), Belerang atau sulfur (S) dan Fosfor (P). Unsur-unsur kimia tersebut dimanfaatkan oleh produsen untuk membentuk bahan organic dengan bantuan energi matahari atau energi yang berasal dari reaksi kimia. Bahan organik yang dihasilkan adalah sumber bagi organisme.
Proses makan atau dimakan pada rantai makanan mengakibatkan aliran materi dari mata rantai yang lain. Walaupun makluk dalam satu rantai makanan mati, aliran materi masih tetap berlangsung terus. Karena mahluk hidup yang mai tadi diuraikan oleh decomposer yang ahkirnya akan masuk lagi ke rantai makanan berikutnya. Begitu selanjutnya terus-menerus sehingga membentuk suatu aliran energi dan daur materi.
Biogeokimia merupakan pertukaran atau perubahan yang terus menerus, antara komponen biosfer yang hidup dengan tak hidup. Dalam suatu ekosistem, materi pada setiap tinkatan trofik tak hilang. Materi berupa unsur-unsur penyusun bahan organik di daur ulang. Unsur-unsur tersebut masuk ke dalam komponen biotic melalui udara, tanah, dan air. Daur ulang materi tersebut melibatkan mahluk hidup dan batuan (geofisik) sehingga disebut daur biogeokimia. Fungsi daur biogeokimia adalah sebagai silkus materi yang melibatkan semua unsur kimia yang sudah terpakai oleh semua yang ada di bumi baik komponen biotik maupun abiotik, sehingga kelangsungan hidup di bumi tetap terjaga.


B. JENIS DAUR BIOGEOKIMIA
Macam-macam daur biogeokimia meliputi:
1. Daur Air
Air sangat penting karena fungsinya sebagai pelarut kation dan anion, pengatur suhu tubuh, pengatur tekanan osmotic sel, dan bahan baku fotosintetis. Di alam daur air sebagai berikut: Semua tempat yang terkena enegi matahari (air laut,dll) akan menguap termasuk pada tumbuhan dan hewan. Akibat tiupan angina, awan menuju permukaan daratan.
Molekul air sangat penting bagi kehidupan. Air merupakan alat transfer utama bagi pemindahan zat dalam beberapa daur biogeokimia. Air bergerak dalam daur air secara global. Daur air ialah pergerakan air melalui sistem biotik dan abiotik.
Dalam proses fotosintesis, air diperlukan untuk membentuk karbohidrat. Selain itu, air juga diperlukan untuk berbagai reaksi metabolik di dalam tubuh mahkluk hidup. Di atmosfer air tersedia dalam bentuk uap air. Uap air berasal dari proses evaporasi (penguapan). Baik yang berasal dari danau, sungai, tanah atau permukaan tubuh mahkluk hidup, permukaan daun tumbuhan (lebih dikenal transpirasi) terutama evaporasi dari lautan.
Pada saat molekul-molekul air di atmosfer bergerak mengikuti pola angin, kelembapan udara menyebabkan suhu menjadi lebih dingin. Selanjutnya, uap air terkondensasi menjadi tetes-tetes air dan jatuh sebagai air hujan atau salju. Ketika hujan jatuh di daratan, beberapa di antaranya menjadi air permukaan, mengalami penguapan, dan terserap di dalam tanah.Sebagian dari air ini mengalir ke bawah melewati tanah dan bebatuan, kemudian tersimpan dalam tanah atau di bawah danau yang disebut sebagai air tanah dalam. Sebagian lagi mengalir di permukaan tanah membentuk aliran air dan sungai, yang mana nantinya membawa air ke lautan. Sebagian air diserap oleh tumbuhan, digunakan untuk proses metabolisme dan mengembalikannya ke udara melalui transpirasi. Transpirasi dan evaporasi dari permukaan tanah menghasilkan kumpulan uap air yang disebut awan, yang akan melepaskan airnya sebagai hujan dan memulai siklus lagi.
Pengaruh suhu yang rendah mengakibatkan terjadinya kondensasi uap air menjadi titik-titik air hujan. Hujan turun di permukaan bumi sebagian meresap ke daam tanah, sebagian dimanfaatkan oleh hewan dan tumbuhan (yang tidak diserap akan menjadi mata air) sebagian lagi mengalir ke sungai-sungai sampai laut. Setelah dimanfaatkan manusia, hewan ,dan tumbuhan dikeluarkan lagi dan menguap. Dan air yang ada di dalam tanah mengalir sampai laut semuanya berlanjut terus.
Jika terjadi ganguan daur air, misal illegal logging maka terjadi banjir dan kegiatan distribusi tak lancar maka terjadi kekeringan seperti di Indonesia.

2. Daur Karbon dan Oksigen


Dari BlogGer Jendela Dunia

Karbon dan oksigen juga penting bagi kehidupan seperti penyusun materi dalam tubuh dan digunakan sebagai fotosintetis. Di alam daur ini sebagai berikut:
Awalnya karbon dioksida diserap oleh tumbuhan melalui fotosintetis dijadikan glukosa. Lalu disusun menjadi amilum, kemudian diubah menjadi senyawa gula yang lain, lemak, protein, dan vitamin. Pada proses pernafasan tumbuhan, dihasilkan lagi karbondioksida dan oksigen. Daur oksigen juga sama.
Karbon merupakan bahan dasar dari semua bahan organik. Aliran karbon berjalan beriringan secara paralel dengan aliran energi. Sumber pokok karbondioksida (CO2) ada di atmosfer. Selain itu, komponen karbon juga tersedia dalam bahan bakar fosil (batu bara, gas alam, dan minyak).
Hewan makan tumbuhan dapat karbon lalu setelah berjalannya waktu tubuh hewan dan tumbuhan mati dan diuraikan menjadi karbon dioksida, air, dan mineral. Karbon tadi dilepaskan ke udara dan seterusnya. Dari keduaunsur tadi yang paling panjang daurnya adalah karbon.
Karbon dioksida di atmosfer merupakan sumber karbon bagi tumbuhan, terutama ketika melakukan fotosintesis. Karbon tersebut dapat berpindah ke hewan ketika mereka memakan tumbuhan. Selanjutnya, tubuh hewan dan tumbuhan yang sudah mati akan diuraikan oleh mahkluk hidup pengurai menjadi karbondioksida, air, dan mineral. Karbondioksida akan kembali ke atmosfer dari penguraian juga melalui sistem respirasi.
Pada daur karbon dan oksigen memerlukan hewan dan tumbuhan yang mati dalam waktu yang lama untuk membentuk batubara di dalam tanah serta pengurai juga diperlukan dalam mengurai hewan dan tumbuhan yang telah mati. Tumbuhan dan hewan juga terlibat dalam daur air.

3. Daur Nitrogen


.




Tumbuhan dan hewan membutuhkan nitrogen untuk membentuk asam amino untuk membentuk protein. Selain itu, nitrogen diperlukan dalam pembentukan senyawa nitrogen, seperti asam nukleat (ADN dan ARN). Meskipun 78% di udara terdapat nitrogen bebas, namun tumbuhan dan hewan pada umumnya tidak mampu menggunakannya dalam bentuk bebas. Nitrogen harus diubah menjadi bahan nitrogen lain sehingga dapat digunakan. Nitrogen diikat oleh bakteri yang ada di dalam tanah (biasanya dalam bentuk amonia). Selanjutnya oleh bakteri nitrifikasi diubah menjadi nitrit (NO2-), kemudian menjadi nitrat (NO3-), yang mana dapat diserap dari tanah oleh tumbuhan (disebut proses nitrifikasi). Beberapa tanaman mempunyai nodul pada akarnya yang di dalamnya terdapat bakteri pengikat nitrogen. Bakteri mengubah banyak nitrogen menjadi asam amino yang dilepaskan ke jaringan tumbuhan. Tanaman dengan nodul ini mampu hidup dalam kondisi tanah yang miskin nitrogen, misalnya ercis, tanaman dengan daun menjari dan tanaman lain yang termasuk dalam keluarga kacang-kacangan (legume).
Nitrogen berfungsi sebagai pembentuk asam amino merupakan persenyawaan pembentuk molekul protein. Selanjutnya protein sebagai pembentuk tubuh. Daur Nitrogen di alam sebagai berikut:
Atmosfer mengandung sekitar 70% Nitrogen dalam bentuk unsur, tapi yang diperlukan dalam bentuk senyawa. Yaitu ketika petir keluar menyebabkan nitrogen bersenyawa jadi nitrat. Tumbuhan menyerap nitrat dari tanah utuk dijadikan protein lalu tumbuhan dimakan oleh kosumer senyawa nitrogen pindah ke tubuh hewan. Urin, bangkai hewan, dan tumbuhan mati akan diuraikan oleh pengurai jadi ammonium dan ammonia. Bakteri Nitrosomonas mengubah jadi nitritlalu diubah lagi oleh bakteri Nitrobacter menjadi nitrat. Kemudian nitrat diserap oleh tumbuhan. Selanjutnya sama dan begitu.
Selain melalui petir juga melalui bakteri Rizobium yang bersimbiosis pada tumbuhan kacang-kacangan membentuk bintik akar. Sedikit tambahan proses pengubahan nitrit jadi nitrat disebut nitrifikasi. Dan proses pengubahan nitrit atau nitrat jadi nitrogen bebas disebut denitrifikasi.
Kadang-kadang tanaman ini digunakan untuk mengisi lahan yang miskin nitrogen selama masa perputaran setelah panen padi. Beberapa hasil penelitian genetik yang diorientasikan terhadap pemberian tanaman panen yang lain (jagung, gandum) yang mempunyai kemampuan untuk mengikat nirogen. Kemampuan yang secara besar dapat mengurangi kebutuhan pemupukan pertanian. Dalam ekosistem air, alga hijau-biru juga mampu menyerap nitrogen. Nitrogen juga dapat terikat di atmosfer melalui masuknya energi elektrik misalnya melalui penyinaran.
Bakteri pemecah memecah protein dalam tubuh organisme mati atau hasil sisa mereka menjadi amonium, kemudian nitrit atau nitrat dan akhirnya menjadi gas nitrogen yang mana akan dilepaskan ke atmosfer dari mulai nitrogen diikat dan berputar lagi.
Semua hewan hanya memperoleh nitrogen organik dari tumbuhan atau hewan lain yang dimakannya. Protein yang dicerna akan menjadi asam amino yang selanjutnya dapat disusun menjadi protein-protein baru pada tingkat trofik berikutnya. Ketika makhluk hidup mati, materi organik yang dikandungnya akan diuraikan kembali oleh dekomposer sehingga nitrogen dapat dilepaskan sebagai amonia. Dekomposisi nitrogen organik menjadi amonia lagi disebut amonifikasi. Proses tersebut dapat dilakukan oleh beberapa bakteri dan mahkluk hidup eukariotik.
Contoh beberapa mikroorganisme yang terlibat dalam daur nitrogen ialah :
1.Nitrosomanas mengubah amonium menjadi nitrit.
2.Nitrobacter mengubah nitrit menjadi nitrat
3.Rhizobium menambat nitrogen dari udara
4.Bakteri hidup bebas pengikat nitrogen seperti Azotobakter (aerobik) dan Clostridium (anaerobik)
5.Alga biru hijau pengikat nitrogen seperti Anabaena, Nostoc dan anggota-anggota lain dari ordo Nostocales
6.Bakteri ungu pengikat nitrogen seperti Rhodospirillum
Meskipun pengikatan secara alami menghasilkan cukup nitrogen untuk proses yang berlangsung secara alami, namun pembentukan nitrogen oleh industri yang digunakan untuk pemupukan dan produk lain melampui kebutuhan ekosistem darat.

4. Daur Fosfor (Daur Sendimentasi)



Fosfor merupakan elemen penting dalam kehidupan karena semua makhluk hidup membutuhkan fosfor dalam bentuk ATP (Adenosin Tri Fosfat), sebagai sumber energi untuk metabolisme sel. Fosfor juga ditemukan sebagai komponen utama dalam pembentukan gigi dan tulang vertebrata. Daur fosfor tidak melalui komponen atmosfer. Fosfor terdapat di alam dalam bentuk ion fosfat (fosfor yang berikatan dengan oksigen). Ion fosfat terdapat dalam bebatuan. Adanya peristiwa erosi dan pelapukan menyebabkan fosfat terbawa menuju sungai hingga laut membentuk sedimen. Adanya pergerakan dasar bumi menyebabkan sedimen yang mengandung fosfat muncul ke permukaan. Di darat tumbuhan mengambil fosfat yang terlarut dalam air tanah.
Fosfor merupakan bahan pembentuk tulang pada hewan. Semua mahluk memerlukan sebagai pembentuk DNA, RNA, protein, energi (ATP), dan senyawa organik lainnya. Daur fosfor lebih sederana dari pada daur lainnya karena tidak melibatkan atmosfer. Di alam daur fosfor sebagai berikut:
Di dalam tanah mengandung fosfat anorganik yang dapat diserap oleh tumbuhan. Kemudian tumbuhan dimakan oleh konsumer sehingga fosfor berpindah ke hewan. Tumbuhan dan hewan mati, feses, dan urinnya akanterurai menjadi fosfat organik. Oleh bakteri fosfat tersebut diubah menjadi fosfat arorganik yang dapat diserap tumbuhan. Dan seperti biasa akan terulang.
Dan pada daur fosfor diperlukan pengurai untuk menguraikan hewan dan tumbuhan yang mati menjadi fosfat anorganik. Fosfat banyak terdapat di batu karang dan fosil. Fosfat dari batu dan fosil terkikis dan membentuk fosfat anorganik terlarut di air tanah dan laut. Fosfat anorganik ini kemudian akan diserap oleh akar tumbuhan lagi. Siklus ini berulang terus menerus.
Daur sedimentasi disebut juga daur fosfor. Fosfor merupakan elemen penting dalam kehidupan karena semua makhluk hidup membutuhkan posfor dalam bentuk ATP (Adenosin Tri Fosfat), sebagai sumber energi untuk metabolisme sel.
Posfor terdapat di alam dalam bentuk ion fosfat. Ion Fosfat terdapat dalam bebatuan. Adanya peristiwa erosi dan pelapukan menyebabkan fosfat terbawa menuju sungai hingga laut membentuk sedimen. Adanya pergerakan dasar bumi menyebabkan sedimen yang mengandung fosfat muncul ke permukaan. Di darat tumbuhan mengambil fosfat yang terlarut dalam air tanah.
Herbivora mendapatkan fosfat dari tumbuhan yang dimakannya dan karnivora mendapatkan fosfat dari herbivora yang dimakannya. Seluruh hewan mengeluarkan fosfat melalui urin dan feses. Bakteri dan jamur mengurai bahan-bahan anorganik di dalam tanah lalu melepaskan pospor kemudian diambil oleh tumbuhan.

5. Daur Belerang
Belerang atau sulfur merupakan unsur penyusun protein. Tumbuhan mendapat sulfur dari dalam tanah dalam bentuk sulfat (SO4 ). Kemudian tumbuhan tersebut dimakan hewan sehingga sulfur berpindah ke hewan. Lalu hewan dan tumbuhan mati diuraikan menjadi gas H2S atau menjadi sulfat lagi. Secara alami, belerang terkandung dalam tanah dalam bentuk mineral tanah. Ada juga yang gunung berapi dan sisa pembakaran minyak bumi dan batubara.
Daur tipe sedimen cenderung untuk lebih kurang sempurna dan lebih mudah diganggu oleh gangguan setempat sebab sebagian besar bahan terdapat dalam tempat dan relatif tidak aktif dan tidak bergerak di dalam kulit bumi. Akibatnya, beberapa bagian dari bahan yang dapat dipertukarkan cenderung " hilang" untuk waktu yang lama apabila gerakan menurunnya jauh lebih cepat dari pada gerakan "naik" kembali. Setiap daur melibatkan unsur organisme untuk membantu menguraikan senyawa-senyawa menjadi unsur-unsur. Dalam daur belerang misalnya, mikroorganisme yang bertanggung jawab dalam setiap trasformasi adalah sebagai berikut :



1. H2S → S → SO4; bakteri sulfur tak berwarna, hijau dan ungu.
2. SO4 → H2S (reduksi sulfat anaerobik), bakteri desulfovibrio.
3. H2S → SO4 (Pengokaidasi sulfide aerobik); bakteri thiobacilli.
4. S organik → SO4 + H2S, masing-masing mikroorganisme heterotrofik
aerobik dan anaerobik.
Selain itu ada beberapa jenis bakteri terlibat dalam daur sulfur, antara lain Desulfomaculum dan Desulfibro yang akan mereduksi sulfat menjadi sulfida dalam bentuk hidrogen sulfida (H2S). Kemudian H2S digunakan bakteri fotoautotrof aerob seperti Chromatium dan melepaskan sulfur dan oksigen. Sulfur dioksida menjadi sulfat oleh bakteri kemolitotrof seperti Thiobacillus.

C. ANABAENA, NOSTOC, DAN RHIZOBIUM SERTA PENGARUHNYA TERHADAP LINGKUNGAN
Anabaena dan nostoc merupakan jenis mikroalga. Anabaena dan Nostoc termasuk alga biru-hijau yang dapat menambat Nitrogen dari udara melalui kerjasama atau simbiosis dengan Azolla sp.
Efektifitas pertumbuhan dan perkembangan Anabaena dan Nostoc sangatlah ditentukan oleh media dimana mereka itu ditumbuhkan. Untuk menghasilkan pertumbuhan yang optimum, Anabaena dan Nostoc memerlukan unsur Co dan Mo. Hal ini menunjukkan bahwa larutan nutrisi tersebut mempunyai pengaruh terhadap kedua organisme tersebut.
Produktifitas dan mutu mikroalga dapat dipengaruhi beberapa faktor diantaranya kandungan unsur hara pada media tumbuh. Kandungan mineral alga berkisar antara 6-39% berat kering dengan ion-ion utamanya adalah fosfor, sulfur, kalsium, natrium, khlor, besi, magnesium dan seng, serta mangan, tembaga dan cobalt terdapat dalam jumlah yang relatif kecil. Selain itu faktor abiotik yang mempengaruhi kehidupan organisme ini adalah suhu, arus, oksigen terlarut (DO), kebutuhan oksigen biologi (BOD) dan kimia (COD), serta kandungan nitrogen (N), kedalaman air, dan substrat dasar.
Rhizobium merupakan bakteri yang bernodulasi dengan akar. Rhizobium dapat tumbuh dengan optimum pada temperatur antara 25-30°C dan pH 6.0-7.0. Rhizobium pada kondisi masam (pH rendah) tidak dapat menginfeksi akar tanaman. Kondisi asam menyebabkan kondisi Rhizobium stress. Ketersediaan Mn dan Fe dalam tanah masam juga berpengaruh terhadap aktivitas Rhizobium. Apabila ketersediaan Mn tinggi dapat menghambat perkembangan bakteri Rhizobium.
Metabolisme aerobik yang biasa digunakan Rhizobium yaitu dengan tekanan oksigen lebih rendah daripada 0.1 atm. Kecepatan 90 rpm dalam inkubasi merupakan kecepatan optimal yang digunakan untuk pertumbuhan bakteri Rhizobium. Faktor abiotik dan biotik seperti kemasaman tanah, kelembaban tanah, suhu tanah, senyawa organik dan anorganik juga mempengaruhi pertumbuhan Rhizobium.

DAFTAR PUSTAKA

Rusmendro, Hasmar. 2003. Seri Diktat Kuliah Ekologi Tumbuhan. Jakarta: Unas Press.
http://cyber-biology.blogspot.com/2008/07/peningkatan-toleransi-isolat-rhizobium.html. Tanggal akses 14 April 2009.
http://elcom.umy.ac.id/elschool/muallimin_muhammadiyah/file.php/1/materi/Biologi/DAUR%20BIOGEOKIMIA.swf . Tanggal akses 14 April 2009.
http://freewebs.com/ciget/daur%20biogeokimia.html. Tanggal akses 14 April 2009.
http://gurungeblog.wordpress.com/2008/11/17/daur-biogeokimia/. Tanggal akses 14 April 2009.
http://jelajahbio.blogspot.com/2008/05/daur-bersifat-sedimen.html. Tanggal akses 14 April 2009.
http://www.e-dukasi.net/mapok/mp_files/mp_299/latihan.html. Tanggal akses 14 April 2009.

Bakteri dalam Rantai Makanan
Selama abad terakhir banyak perubahan metode produksi pangan telah terjadi. Setiap perubahan dalam rantai makanan memiliki efek domino mencapai semua link penghubung. Bakteri, mikroskopis dalam ukuran, merupakan peserta penting dalam proses melalui rantai makanan dari tanah ke tanaman untuk mengkonsumsi hewan dan kembali ke tanah. Ini powerhouses kecil memecah bahan organik oleh pencernaan enzimatis. Lebih dari beberapa dekade praktek perubahan dalam produksi pangan memiliki efek penurunan populasi bakteri menguntungkan pasokan makanan kita dan memproduksi strain baru bakteri tahan antibiotik.
"Super" adalah cara baru menggambarkan bakteri yang telah alami rekayasa genetika dalam menanggapi paparan antibiotik. Ini super tahan terhadap antibiotik sehingga mereka tidak dapat diberantas dengan kebanyakan obat tersedia saat ini. " Perhatian dan penelitian di bidang ini terus meningkat di seluruh dunia.. Dalam World Health Report 1996, Organisasi Kesehatan Dunia menyatakan bahwa beberapa baru juga "obat yang dikembangkan untuk menggantikan mereka yang telah mereka kehilangan efektivitas Dalam perlombaan untuk supremasi, mikroba yang berlari ke depan. "
Bahwa bakteri telah beradaptasi dengan pengenalan antibiotik ke dalam rantai makanan tidak mengejutkan. " Dalam perusahaan 'Terlama pernah' fosil ditemukan laporan, BBC News menyatakan bahwa "fosil tertua dan terkecil belum teridentifikasi ... .. Makhluk-makhluk bakteri, yang menyerupai" "lendir tambak, ditemukan di North West Australia dan diperkirakan akan sekitar tiga -dan-a-setengah miliar tahun dan. Bakteri ganggang seperti mereka yang diyakini telah mengisi super primitif-lautan dipanaskan, dunia selama tahap-tahap awal kehidupan di planet ini. " Bakteri telah berhasil beradaptasi dengan segala macam perubahan lingkungan dan dampak. Mereka memiliki kemampuan luar biasa untuk berubah.
"Bakteri bisa mendapatkan gen resistensi melalui beberapa rute.. Banyak mewarisi gen dari pelopor Lain kali, mutasi genetik, yang mudah terjadi pada bakteri, spontan akan menghasilkan suatu sifat resistensi baru atau akan memperkuat yang sudah ada. Dan sering, bakteri akan mendapatkan pertahanan terhadap antibiotik dengan mengambil gen resistensi dari sel-sel bakteri lain di sekitarnya,. Memang pertukaran gen begitu meluas bahwa dunia seluruh bakteri dapat dianggap sebagai satu organisme multiseluler besar di mana sel-sel pertukaran gen mereka dengan kemudahan (. " Scientific American )
Perubahan yang telah mempengaruhi bakteri dalam rantai makanan manusia:
Soil: Tanah: Produksi massal makanan telah menyebabkan potongan pendek yang diadopsi yang meninggalkan langkah-langkah penting, di padang rumput meninggalkan khusus untuk beristirahat dengan tanaman makanan ternak, kacang-kacangan dan hewan. Pengomposan ini lambat padang rumput kembali bahan organik dan nutrisi ke tanah. Bakteri membutuhkan bahan organik mati untuk hidup dan berkembang biak dan mereka melakukan perjalanan melalui rantai makanan untuk kita dari tanah sehingga jika tanah habis ini berlanjut hingga rantai makanan.
Plants: Tanaman: Di bidang pertanian, antibiotik digunakan sebagai aerosol untuk hektar pohon buah-buahan, untuk mengendalikan atau mencegah infeksi bakteri. Konsentrasi tinggi dapat membunuh semua bakteri di pohon-pohon pada saat penyemprotan, namun sisa-sisa residu antibiotik dapat mendorong pertumbuhan bakteri resisten yang kemudian menjajah buah selama pemrosesan dan pengiriman. Para aerosol juga melanda lebih dari pohon-pohon yang ditargetkan. Mereka dapat dibawa jauh ke pohon lain dan tanaman pangan, di mana mereka terlalu encer untuk menghilangkan-blown infeksi penuh tetapi masih mampu membunuh bakteri yang sensitif dan dengan demikian memberikan tepi ke versi tahan. Di sini, lagi-lagi, bakteri resisten dapat membuat jalan mereka ke orang melalui rantai makanan, menemukan sebuah rumah di saluran usus setelah menghasilkan dimakan.
Livestock: Ternak: Obat yang sama diresepkan untuk terapi manusia secara luas dimanfaatkan di peternakan dan pertanian. Lebih dari 40 persen antibiotik yang diproduksi di Amerika Serikat diberikan kepada hewan. Beberapa jumlah yang berlangsung untuk mengobati atau mencegah infeksi, tetapi singa berbagi dicampur ke dalam pakan untuk meningkatkan pertumbuhan.. Dalam terakhir aplikasi ini, jumlah yang terlalu kecil untuk memerangi infeksi diserahkan selama beberapa minggu atau bulan di waktu Tidak ada yang sepenuhnya yakin bagaimana dukungan obat pertumbuhan. Jelas, meskipun, ini jangka panjang paparan dosis rendah adalah formula yang sempurna untuk memilih nomor peningkatan bakteri resisten pada hewan perlakuan yang kemudian dapat lulus mikroba untuk pengasuh dan, yang lebih luas, orang-orang yang menyiapkan dan mengkonsumsi daging matang.
Humans: Manusia: Jumlah gula, lemak, natrium, kafein, pengawet, warna buatan dan rasa dalam makanan mendorong pertumbuhan organisme yg menyebabkan perbusukan dalam sistem pencernaan manusia. Jenis makanan meletakkan beban pada sistem manusia dan bukan memberikan gizi. obat modern yang membunuh bakteri yang tidak tahan meninggalkan wilayah yang jelas untuk strain resisten. Orang juga harus menyadari bahwa meskipun antibiotik diperlukan untuk mengendalikan infeksi bakteri, mereka dapat memiliki luas, efek yang tidak diinginkan pada ekologi mikroba dalam sistem usus dan di tempat lain. Artinya, mereka dapat menghasilkan perubahan jangka panjang dalam jenis dan proporsi bakteri dan campuran tahan dan rentan antibiotik-jenis antibiotik tidak hanya pada individu diperlakukan tetapi juga di lingkungan dan masyarakat pada umumnya.
Antibiotik dalam Rantai Makanan
Meluasnya penggunaan antibiotik memiliki efek jauh jangkauannya. Bayangkan sebuah rumput kaya rumput; mungkin ada satu atau dua gulma di dalamnya tetapi mereka tidak jelas dan tidak merusak efek keseluruhan. Sekarang bayangkan daerah yang sama setelah semua telah disemprot dengan herbisida yang dirancang untuk membunuh rumput indiscriminantly. Hal ini mandul, tetapi apa yang terjadi selanjutnya? Banyak gulma mulai merambat di seluruh area;. Sebelum herbisida adalah rumput diterapkan melindungi daerah dari mayoritas yang tidak diinginkan gulma tanpa gulma rumput berkembang. Hal yang sama terjadi dalam sistem pencernaan kita ketika kita menggunakan antibiotik. Bakteri dihapus indiscriminantly meninggalkan lingkungan bagi bakteri resisten yang kuat untuk mengambil alih.
Kembali ke daerah berumput, jika kawasan ini ditanam kembali dengan rumput dan melihat setelah gulma tidak akan mengambil alih, tetapi merupakan masalah menggunakan benih rumput yang cukup dan teratur menjaga daerah tersebut. Jika kita tidak terisi kembali sistem pencernaan kita dengan bakteri menguntungkan dan kemudian memelihara mereka, bakteri resisten dapat mengambil alih.
Banyak orang mikroorganisme mendiami sistem kami, semua memiliki peran untuk bermain di suatu tempat. Jika mereka bermigrasi ke bagian yang salah dari sistem karena bagian yang tidak bersaing bakteri mereka kemudian dapat menjadi masalah. Bayangkan daerah berumput kami menyebarkan pelari menjadi tempat tidur kebun yang memiliki banyak terbuka, daerah digarap, rumput sendiri menjadi gulma sebuah sistem. Hal yang sama bisa terjadi dengan bakteri kami di.
Candida albicans adalah ragi biasanya ditemukan dalam usus. Selama sistem kekebalan tubuh Candida albicans sehat diatur dan dikendalikan, hal ini dianggap sebagai bagian normal dari flora usus. Banyak orang yang punya masalah dengan overgrowth candida dalam sistem mereka memiliki sejarah penggunaan antibiotik. Setiap ketidakseimbangan dalam populasi bakteri bersahabat memberikan peluang bagi mikroorganisme lain untuk over-mengisi rampantly dan menginfeksi organ tubuh lainnya dan jaringan. Candida albicans telah ditemukan di mulut masyarakat ketika mereka buruk terinfeksi; tempatnya adalah di dalam usus.
Mereka bekerja dalam tubuh kita, dalam rantai makanan, dan di dalam pengurai dunia untuk mempertahankan hidup. Mereka dirancang untuk peran yang spesifik dan merupakan bagian penting dari dunia di mana kita hidup. Mereka mungkin menjadi satu-satunya solusi untuk beberapa masalah ekologis yang kita hadapi baik di dalam sistem kami dan masyarakat luas. Mereka kuat dirancang untuk melakukan beberapa hal-hal besar.



Mikrobiologi akuatik adalah telaah mengenai mikroorganisme serta kegiatannya di perairan tawar, muara, dan marin, termasuk mata air, danau, sungai, dan laut. Bidang itu menelaah virus, bakteri, algae, protozoa, dan cendawan mikroskopik yang menghuni perairan alamiah ini (Pelczar,1988).
Mikroorganisme ini beserta kegiatannya dalam banyak amatlah penting. Mereka dapat mempengaruhi kesehatan manusia dan kehidupan hewan; mereka menempati posisi kunci di dalam rantai makanan dengan cara menyediakan makanan bagi kehidupan akuatik berikutnya yang bertaraf lebih tinggi. Mereka membantu berlangsungnya rantai reaksi biokimia yang mengatur daur ulang unsur-unsur, seperti yang terjadi di dalam tanah (Pelczar,1988).
Mikrobiologi menjadi makin penting dengan adanya urbanisasi yang disertai meningkatnya kebutuhan masyarakat akan air, pentingnya perairan alamiah sebagai reservoir utama, penyelidikan lepas pantai untuk mendapatkan minyak dan mineral, didirikannya badan perlindungan keadaan lingkungan, serta perkembangan-perkembangan lainnya (Pelczar,1988).